Aldealafuente está situada en  una llanura con una ligera pendiente hacia el sur, desde donde se puede contemplar el río Duero, río que baña la localidad.

Tomando gran importancia  las lagunas Herrea y del Ojo; de esta última nace el arroyo Nuevo.

Su altitud ronda los 1.000 metros sobre el nivel del mar, siendo la elevación máxima el Alto del Coto, con 1.042 metros,  la orografía mantiene unas pendientes que no superan el 10% de media, si bien en algunas zonas este porcentaje se puede ver aumentado.



Eológicamente, los suelos tienen un origen Palógeno, con areniscas y conglomerantes, aunque en la parte sur hay zonas del Cuaternario, con gravas y terrazas, y otras del Neogeno, con arcillas, gravas y conglomerantes.

Así, la superficie muestra un color pardo claro, con unos contenidos de materia orgánica del 1,5%.

El drenaje natural se puede calificar entre regular y bueno.



La hidrografía viene marcada por recursos superficiales como las acequias de la dehesa que afluyen a la llamada Del Mimbre, en la parte más noroeste y que finalmente desemboca en el Duero. Éste discurre por el cuadrante oeste de municipio.

Por otro lado, la acequia de San Pablo desemboca en el embalse del mismo nombre, fuera del término en el sur. Las acequias de La Huerta, Simón y Borleznelos, discurren en la parte oriental. Junto a ellos hay que añadir dos lagunas, la de Herrera la Laguna del Ojo.



Las aguas subterráneas se manifiestan en niveles freáticos de escasa profundidad.